【摘要】目的:采用生物信息学方法分析乳腺癌差异表达基因和相关信号通路,为乳腺癌治疗提供可能的靶点。方法:从公共基因芯片数据库 GEO(gene expression omnibus)中下载 GSE 162228 基因芯片,R 软件 limma 软件包筛选出差异基因,clusterProfiler R 进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,STRING 数据库构建差异表达基因的蛋白质互作网络(PPI),Cytoscape 软件筛选出核心基因。结果:通过分析乳腺癌样本与正常对照发现713个差异表达基因,其中363个基因上调,350个基因下调,GO分析提示差异表达基因主要富集在细胞器裂变、含胶原的细胞外基质和糖胺聚糖结合。KEGG 通路分析提示差异表达基因主要富集于粘着斑信号通路、细胞周期信号通路和 PPAR 信号通路。Cytoscape 软件筛选的核心基因分别是 CDK1、CCNA2、BUB1、TOP2A 和 KIF11。结论:乳腺癌中关键的差异表达基因可能在疾病的发生发展过程中发挥重要生物学作用,为乳腺癌的治疗提供理论基础。
【关键词】乳腺癌;GEO 数据库;生物信息学;差异表达基因