【摘要】目的:探讨甲醛固定石蜡包埋标本(FFPE)样本提取的 DNA 在自动建库中终文库浓度低的补救方法。方法:收集 2022 年 8 月—2023 年 3 月广东省人民医院病理科初次自动建库得到的终文库浓度低于 1 ng/μL 的 15 例FFPE 样本提取的 DNA。应用人多基因突变检测试剂盒,选择泛癌种探针,DNA 样本打断后运用 Magnis BR 建库,最后得到 20 μL 终文库,对其浓度进行定量质控。每个样本分两组进行实验,A 组标本 DNA 按照 200 ng 进行建库,B 组标本 DNA 按 100 ng 进行建库。选取终文库浓度大于 1 ng/μL 样本进行测序,并对下机数据进行质控分析及结果验证。结果:A 组实验所得预文库总量偏低,终文库浓度均低于 1 ng/μL,不符合上机标准;B 组实验所得终文库仅 3 例浓度低于 1 ng/μL,其余 12 例高于 1 ng/μL,片段分布在质控范围内(12/15,80%),两组建库所得终文库浓度比较,差异有统计学意义(P < 0.05)。对 B 组终文库质控合格的 12 例样本进行测序,结果显示 9 例各项测序数据质控合格,均符合生信分析的质控要求(9/12,75%),3 例质控警戒,12 例均检出具有明确或潜在临床意义突变,8 例使用 ARMSPCR 法或免疫组化对主要基因突变进行验证,结果相符。结论:适当调整建库时的 DNA 投入量,对初次建库中终文库浓度低的样本进行重新建库,可有效提升建库成功率和测序质量。该方法尤其适用于无法进行二次切片的 FFPE 样本,如穿刺小标本,从而提高二代测序检测的成功率,使更多患者受益。
【关键词】二代测序;全自动建库;组织固定;甲醛